Java项目打包成.jar和.war文件的区别如下：
1. 文件类型不同：.jar文件是Java的可执行文件，它包含Java类、资源文件和清单文件等。.war文件是Java web应用程序的归档文件，它包含了web应用所需要的类、资源、静态文件、servlet等。
2. 部署环境不同：.jar文件被用来打包Java应用程序，并且在本地或者远程的JVM上运行，通常不涉及Web内容。.war文件用于部署Java Web应用程序，它可以部署到支持Java Servlet的Web容器上，如Tomcat、Jetty等。
3. 应用场景不同：.jar文件用于非Web应用程序，如Java桌面应用程序等。.war文件用于Java web应用程序，如网站和Web应用程序。
总的来说，两者的最大区别是运行环境和应用场景不同。jar主要指可执行程序，不涉及Web内容，而war主要用于Java Web应用程序。
